Sekolah Tinggi Ilmu al-Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta berlokasi di kompleks Pondok Pesantren An Nur Ngrukem, Pendowoharjo, Sewon, Bantul, Yogyakarta. STIQ An-Nur secara resmi berdiri pada pada tahun 2002 dengan SK  Dirjend Pendis No. Dj-II/356/2002 yang diresmikan langsung oleh Menteri Agama R.I. Prof. Dr. Sa’id Aqiel Husein Al-Munawwar, dengan pembuka dua program studi yaitu Prodi Tafsir dan Hadits (TH) dan program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).

Keberadaan STIQ An-Nur merupakan penyempurna dari lembaga-lembaga yang ada di lingkungan Yayasan Al-Ma’had An-Nur, yang menyelenggarakan pendidikan non formal dan pendidikan formal. Dalam bentuk non formal, Pesantren An–Nur mengelola pendidikan dan pengajaran berupa: Tahfidzul Qur’an, Qiro’ah Sab’ah dan Madrasah Taman Pendidikan Al-Qur’an. Sedangkan bentuk pendidikan formal di lingkungan Ponpes An–Nur meliputi: Madrasah Diniyah Salafiyah al-Furqon, yang didirikan pada tahun 1986, Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al–Ma’had An–Nur berdiri pada tahun 1994, Madrasah Aliyah Umum (MAU) Al–Ma’had An–Nur berdiri tahun 1997, Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK) Al–Ma’had An–Nur yang didirikan pada tahun 1999 dan STIQ An–Nur yang didirikan pada tahun 2002.

Yayasan Al Ma’had An–Nur sekarang memiliki santri sebanyak 3000 orang dan mempunyai alumni yang tersebar dari berbagai propinsi di Indonesia, yang meliputi; 60 % santri berasal dari Jawa, yaitu DIY, Jawa Tengah, Jawa Timur, Jawa Barat dan DKI Jakarta, sedang yang 40 % santri berasal dari luar Jawa meliputi Sumatra, Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur.

Berdirinya STIQ An-Nur merupakan salah satu dinamika pesantren dalam menyikapi tuntutan zaman akan hadirnya sebuah institusi  pendidikan Tinggi Islam yang memiliki ciri khas al-Qur’an (mengambil kompetensi unggulan Tahfidz al-Qur’an dan Qiro’ah Sab’ah), serta memadukan khazanah keilmuan  klasik Islam ’ala pesantren dengan keilmuan modern.

Dalam perjalanan selama 12 tahun, STIQ An-Nur telah memantapkan pondasi untuk pengembangan perguruan tinggi ini menjadi lebih baik dan berkualitas, baik dalam bidang pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian, manajemen mutu akademik dan non akademik, serta pemenuhan sarana-prasarana. Oleh karena itu, saat ini secara resmi STIQ An-Nur berubah status menjadi Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) dengan SK  Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017. Dan memiliki Enam Program Studi, yaitu: Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI), Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibthidaiyah (PGMI), Prodi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT), Prodi Ilmu Hadits (ILHA), Prodi Ekonomi Syariah (ES), dan Prodi Perbankan Syariah (PS).

Sejak berdiri tahun 2002, Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An-Nur Yogyakarta terjadi empat masa kepemimpinan yaitu: tahun 2002-2006, 2006-2010, 2010-2014, 2014-2018. Pada periode pertama, tahun 2002-2006, belum ada fakultas Tarbiyah karena masih dalam bentuk sekolah tinggi dengan 2 jurusan, yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Tafsir Hadis. Jurusan PAI dipimpin oleh Drs. H. Munjahid, . Beliau memimpin Jurusan PAI pada 3 periode berikutnya, yaitu periode tahun 2006-2010, 2010-2014, dan 2014-2018. Dalam perjalanannya, pada tahun 2017 Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An-Nur berubah menjadi Institut Ilmu al-Qur’an (IIQ) An-Nur Yogyakarta yang memiliki 3 fakultas dengan 6 Program Studi, di mana Fakultas Tarbiyah memiliki 2 Prodi, yaitu PAI dan PGMI (Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah. Perubahan tata pamong mengikuti perubahan status institusi. Pada periode tahun 2017-2020, Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh dekan atas nama Dr. Munjahid, M.Ag; Wakil Dekan I Bidang Akademik atas nama M. Subhan Ashari, M.Pd.I, dan wakil dekan II bidang Administrasi dan Kemahasiswaan atas nama Lina, M.Pd. Adapun Prodi PAI dipimpin oleh Ali Mustaqim, M.Pd.I dan Prodi PGMI dipimpin oleh Samsudin, M.Pd.I. Pada periode berikutnya, yaitu tahun 2021-2024, kepemimpinan Fakultas Tarbiyah mengalami perubahan. Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Lina, M.Pd dengan wakil dekan I atas nama Samsudin, M.Pd.I dan wakil dekan II atas nama M. Asrofi, M.Pd. Ketua Prodi PAI pada periode ini tetap, yaitu Ali Mustaqim, M.Pd.I, sedangkan Kaprodi PGMI dipegang oleh A. Dwi Nur Khalim, M.Pd.